En 1522 España lanzó una nueva invasión, esta vez desde Guatemala y Honduras y un año después en este nuevo intento fue derrotado y expulsado. Por este motivo los llamaron “Indios Bravos” En el año 1600 habiendo fracasado España en someter a los indios por la fuerza de la espada, en vez de soldados envió monjes, los cuales perdieron la vida en muchos encuentros con tribus feroces. En resumen España no logró conquistar a los indígenas del Caribe, aunque en el Tratado de Tordesillas, la Costa Atlántica de Nicaragua pertenecía a España.
Entre 1620 y 1640 se produce la Alianza Anglo Miskita. Después del ataque a la Isla de Providencia por parte del imperio Español y la quiebre de la Compañía Providence Company los miskitos previendo que el ataque español se extendiera a sus comunidades buscaron el apoyo del Rey Carlos I ( 1625-1649), rey de Inglaterra. Este hecho marca el primer intento de Alianza formal entre mískitos e ingleses. En este punto se marca el inicio de la dinastía mískita que fue establecida gracias al apoyo de Gran Bretaña en 1661.
La dinastía mískita experimentó una gran expansión durante los siglos xvii y xviii gracias a su alianza con los bucaneros ingleses. Con la ayuda de armamentos provistos por los bucaneros ingleses basados en Jamaica lograron subyugar a varias tribus sumus y los hacían pagar impuestos en forma de canoas, cueros de venado, maíz, cacao, hule, etc. En Honduras expulsaron a los indios Payas ubicados en las riberas del Rio Tinto o Negro y al sur lograron extender sus dominios hasta el Río San Juan, llegando hasta la Laguna de Chiriquí causando la despoblación de la región de Talamanca en Costa Rica. Así el mískito adquirió una ascendencia prácticamente sobre el litoral Atlántico desde Cabo Honduras (cerca de Trujillo en Honduras) hasta la Laguna Chiriquí (Panamá). Su idioma es entendido por muchos indios de las tribus vecinas (sumu, rama y paya), y todavía juega el papel de una lengua franca en ciertas partes de la Costa Mosquita.
El ultimo Rey mískito de la época colonial fue Stephen I ( 1816-1820). Finalizando con este Rey la época colonial. La Época post colonial en la Costa Atlántica se compone de dos etapas: la primera etapa comprende desde 1821 hasta 1847 y la segunda etapa se ubica entre 1847 hasta 1894, año de la reincorporación de la Mosquitia. La etapa comprendida entre 1821 a 1847 se le conoce como el conflicto político entre Inglaterra y Nicaragua. Este conflicto fue la secuela del conflicto anglo español en la época colonial.El período se inicio con el reinado del Rey George III (1822-1823) que fue un negro puro elegido por los ingleses para sustituir a Roberto I por su amistad con los españoles. Luego entre 1823 y 1841 surgió el reinado de Roberto II que tenía la debilidad de entregar tierras a cambio de trajes vistosos. En 1841 fue una año de intervenciones inglesas dada la coyuntura en los países centroamericanos que se prestaba para ello.
Por último en 1847 y durante el reinado del Rey Mosco George IV llegaron de Herrnhurt a Nicaragua los primeros misioneros moravos.
Entre 1847 y 1894 ubicamos la segunda etapa de la época colonial de la Costa Atlántica. En esta etapa y siempre bajo la dominación inglesa la Costa del Caribe de Nicaragua estuvo desagregada del territorio nacional.
En 1860 se firmó el Tratado de Managua a través del cual Inglaterra reconocía la pertenencia del territorio a Nicaragua, pero imponía una especie de Autonomía absoluta del engranaje político, fiscal y administrativo de la Costa Atlántica con respecto al resto del país. Fue hasta el triunfo de la Revolución liberal en 1893 que la situación comenzó a cambiar. El presidente liberal José Santos Zelaya ocupó militarmente Bluefields en 12 de febrero de 1894 anexando por la vía militar este territorio desagregado políticamente por tanto tiempo del resto del país y marcando de esta forma las relaciones entre el Pacífico y el Atlántico del país.